Reprezentace
1. FC Kaiserslautern
VfL Wolfsburg
SK Kladno
Sparta Praha

Reprezentační premiéru si odbyl v létě 2009 v přípravě proti Maltě, dodnes nasbíral čtyři utkání. Další starty mu znemožnilo zranění, ovšem stoper by se rád mezi českou elitu znovu vrátil.

V létě 2010 ale vyslyšel Honza volání prvoligového nováčka z Betzengerbu. Přestupem do Kaiserslauternu tak vyřešil potíže s malým herním využitím, který měl v bývalém působišti. V novém dresu by měl dostávat více možností pravidelně nastupovat a znovu hodlá zabojovat o reprezentační dres.  

V roce 2007 přišel přestup do Wolfsburgu, kde působí dodnes. Na svém kontě již má ale i čtyři zápasy v národním týmu a patří k nadějným mladíkům, kteří by měli převzít otěže české reprezentace v nejbližších letech. 

Hned v premiérové bundesligové sezóně hrál pravidelně a největšího úspěchu se dočkal v sezóně 2008/2009, kdy byl v základní sestavě mužstva, které získalo překvapivě mistrovský titul.

Sezónu 2006/07 strávil na Kladně, která pro start jeho kariéry byla klíčová. Stal se rychle oporou tamního mužstva, odehrál 29 ligových utkání a pomohl středočeskému klubu na konečné 11. místo. To mu hodně pomohlo pro jeho sebevědomí, které se přeneslo do hry v reprezentační juniorce, k návratu na Letnou a napomohlo rychlému odchodu do Wolfsburgu. 

Ke slušné kariéře měl Jan Šimůnek našlápnuto již jako mnohonásobný juniorský reprezentant a jeho jméno se začalo skloňovat ve všech pádech nejvíce po MS U-20 v roce 2007, kde tým dovedl s kapitánskou pásku ke stříbrné medaili. S fotbalem ale začínal ve Švýcarsku, kde hrával jeho otec a kvůli jeho přestupům prošel několika kluby. Po příchodu do Čech působil v Bohemians a coby talentovaného útočníka ho již ve dvanácti letech koupila Sparta Praha.


V roce 2005 absolvoval ligovou premiéru v rudém dresu, ale to už byl plnohodnotný defenzivní hráč. V šestnácti už poprvé nakouknul do kabiny sparťanského áčka. A pak přišlo úspěšné juniorském MS, návrat do Sparty, kde už však stačil odehrát už pouze jeden ligový zápas.